报告题目:超级增强子的生物信息学分析
报告人:李春权 教授
报告人简介:
李春权,博士,教授,研究生导师,哈尔滨医科大学大庆校区医学信息学系副主任(正科级),哈医大大庆校区生物信息学科带头人,黑龙江省生物信息学学会理事,全国生物信息暑期学校培训教师,全国生物信息骨干教师培训班讲座教师。主要研究方向是恶性肿瘤、心血管等复杂疾病的基因转录调控、上下游网络及通路的调控机制研究。在Nucleic Acids Research、Briefing in bioinformatics、Bioinformatics等国际高水平杂志上发表文章60篇。
代表性成果:
1、开发的SEdb超级增强子数据库(http://www.licpathway.net/sedb/),是目前世界上最全面的人类的超级增强子生物信息资源库。
2、开发的SubpathwayMiner等子通路识别相关软件平台被高影响力的顶级综述杂志Nature reviews cancer所引用,并且被列入杂志论文的通路识别软件列表,推荐给各国的癌症研究人员使用该系统。同时被列入的通路识别软件GSEA、SPIA等均为国际最著名的通路识别软件之一,表明SubpathwayMiner软件平台已进入国际主流通路识别软件行列。SubpathwayMiner等相关软件平台2011年也被美国化学综述杂志CHEMICAL REVIEWS、美国年度综述杂志ANNUAL REVIEWS两大国际顶级杂志所引用和推荐研究人员使用。
报告简介:
超级增强子 (Super Enhancer, SE)是近年来发现的能够控制关键基因转录的一组新的DNA调控元件。由于许多肿瘤细胞关键致癌基因由超级增强子驱动,超级增强子有潜力成为理想的抗癌靶点,已成为世界科技前沿的研究热点。SEdb生物信息资源库通过整合NCBI中的SRA、ENCODE、Roadmap、GGR的H3K27AC的原始测序数据,从超过三千个样本中筛选出542套H3K27AC组蛋白乙酰化修饰数据,使用生物信息学系列软件与算法,通过大量计算挖掘得到最全面关于人类的超级增强子SEdb生物信息资源库。SEanalysis工具(http://licpathway.net/SEanalysis/index.do)属于一款在线软件分析平台,能够提供三种强大的超级增强子上下游调控分析。通过借助强大的生物信息学网络技术,构建了超级增强子、下游靶基因、转录因子及上游信号通路的复杂调控网络。基于数百个细胞/组织的复杂调控网络,开发了三套超级增强子相关的调控分析策略:(1)通路下游增强子分析(2)超级增强子上游调控分析(3)基因组区域分析。
时间:2019年5月8日(周三),13:40-15:10
地点:生命科学学院608会议室
欢迎各位老师和同学参加,并参与交流!
生命科学学院
2019年4月30日